Das Generalsekretariat ist eine Abteilung, in dem es einen Generalsekretär und ein Team gibt. Die Abteilung hat verschiedene Aufgaben, darunter zählen unter anderem das Organisieren von Majlis Amla Sitzungen, der Majlis e Shura. Ebenso ist diese Abteilung für die Einholung monatlicher Berichte und die Erstellung eines Jahresberichtes zuständig. Dieser Abteilung unterliegt auch die Abteilung Tajneed. Neben diesen Aufgaben nimmt die Abteilung auch andere Aufgaben wahr, die vom Amir übertragen werden.